Die Interaktionen zwischen Genen und ihren Produkten sind genauso komplex wie die direkten und indirekten Wechselwirkungen zwischen den verschiedenen Akteuren in natürlichen Ökosystemen. Ähnlich wie Schlüsselarten, können auch einzelne Gene einen verhältnismässig starken Einfluss auf die Biodiversität ausüben. Solche möglichen Auswirkungen auf die biologische Vielfalt wurden jedoch bisher kaum untersucht, da sich viele der komplexen Wechselwirkungen in Experimenten nur unvollständig modellieren lassen. Es ist auch weitgehend unklar, welche Gene unter welchen Umständen als Schlüsselgene wirken können.