Diese Verordnung regelt den Umgang mit Organismen sowie mit ihren Stoffwechselprodukten und Abfällen in der Umwelt, insbesondere mit gentechnisch veränderten, pathogenen oder gebietsfremden Organismen. Im Anhang der FrSV wird aufgelistet, welche Verfahren als gentechnisch eingestuft werden und welche nicht. Nicht als gentechnische Verfahren gelten die Selbstklonierung nicht pathogener Organismen sowie eine Liste von Verfahren, die nicht mit dem Einsatz von rekombinanten Nukleinsäuremolekülen oder gentechnisch veränderten Organismen verbunden sind, darunter die Mutagenese.