Bei der Herstellung von Fermentationsprodukten werden häufig gentechnisch veränderte Mikroorganismen (Hefestämme, Bakterien) eingesetzt. Das Endprodukt wird anschliessend von den herstellenden Organismen gereinigt. Eine Kontamination mit Bestandteilen (z.B. Proteinen) der herstellenden Organismen kann jedoch nicht vollständig ausgeschlossen werden. Im Jahr 2018 wurde festgestellt, dass 20 Tonnen Vitamin B2, das in der EU bereits auf dem Markt war, mit gentechnisch veränderten Bakterien (Bacillus subtilis) kontaminiert waren, die zu seiner Herstellung verwendet wurden. Mit GVO hergestellte Fermentationsprodukte werden ab 2020 als neuartige Lebensmittel reguliert. Ihre Verwendung muss auf dem Endprodukt nicht gekennzeichnet werden.