Selbstklonierung ist ein bei Mikroorganismen (Hefen, Bakterien, Mikroalgen) verwendeter Begriff. Er beschreibt das Vorgehen, Gene aus Zellen zu entfernen und sie ins Erbgut von Zellen der gleichen oder eng verwandten Art zu übertragen. Selbstklonierung ist vergleichbar mit der Cisgenese, die bei Tieren und Pflanzen die Übertragung arteigener Gene bezeichnet. In der Schweiz gilt die Selbstklonierung nur dann rechtlich als Gentechnik, wenn sie bei pathogenen Mikroorganismen eingesetzt wird. Selbstklonierte Mikroorganismen für die Getränke- und Lebensmittelindustrie sind hierzulande keine GVO. In der EU gilt folgende Regel: In geschlossenen Systemen wie Laboren gelten selbstklonierte Mikroorganismen nicht als GVO. Werden sie hingegen auf den Markt gebracht, sind sie rechtlich GVO. Da Selbstklonierung von der Gentechnikgesetzgebung ausgeschlossen sein kann, wird sie gerne bei Gentechnikbaukästen für Schulen und für Zuhause verwendet.