Spontane Mutationen, das heisst Veränderungen der DNA, der Trägerin der Erbinformationen, treten natürlicherweise bei allen Lebewesen auf. Ausgelöst werden sie beispielsweise durch Umwelteinflüsse wie Strahlung oder durch chemische Substanzen.

Züchter können die Mutationsrate durch den Einsatz von ionisierenden Strahlen oder chemischen Stoffen beschleunigen. Das Ziel einer solchen „Mutagenese“ ist es, genetische Varianten zu erzeugen und Pflanzeneigenschaften wie Wuchs, Grösse der Früchte oder Resistenzen gegen Umwelteinflüsse zu verändern. Manche Verfahren zur Auslösung von Mutationen gelten als natürlicher und unbedenklicher als andere. Während UV-Licht über das Sonnenlicht beständig auf die Pflanzen einwirkt und auch beständig Mutationen auslöst, sind beispielsweise Röntgenstrahlen oder sehr wirksame Chemikalien riskanter. Zwar hinterlassen alle diese Verfahren keine Rückstände in den Pflanzen, aber die Bandbreite der Veränderungen des Erbguts kann je nach Verfahren sehr unterschiedlich sein. Das führt heute auch zu Diskussionen, ob alle Techniken der Mutagenese tatsächlich unbedenklich sind.

Deswegen wird bisweilen gefordert, dass auch Pflanzen, die aus der Mutationszüchtung kommen, von Fall zu Fall untersucht werden. Das ist beispielsweise in Kanada schon üblich: Pflanzen mit bestimmten neuen Eigenschaften werden auf ihre Risiken geprüft, auch wenn sie nicht gentechnisch verändert wurden.